1971년 도쿄에서 태어나, 게이오대학 법학과를 졸업했다. 대학을 다니던 당시 동급생이던 가네시로 가즈키金城一紀의 영향을 받아 쓴 단편 「잠자는 바다眠りの海」로 1994년 제16회 소설추리신인상을 수상하며 작가의 길로 들어섰다. 1999년에는 수상작을 포함한 소설집 『미싱MISSING』을 출간했는데, 이 작품은 『미스터리가 대단하다! 2000년』에서 톱10에 진입하는 등 높은 평가를 받았고, 45만 명의 독자를 사로잡은 베스트셀러가 되었다. 이후 연애소설, 청춘소설 등 장르를 넘나드는 새로운 엔터테인먼트 작품을 꾸준히 선보이며 독자들의 압도적인 지지를 받고 있다.

2005년 『자정 5분전眞夜中の五分前』으로 제132회 나오키상 후보에 올랐고, 2008년 『FINE DAYS』에 수록된 「Yesterdays」가 영화화되며 젊은 층의 열광적 지지를 얻었다. 독특한 감성과 동시대를 응시하는 날카로운 시선, 섬세하고 투명한 문체로 혼다 다카요시는 현재 일본에서 가장 기대되는 작가로 주목받고 있다. 주요 작품으로는 『Alone Together』, 『MOMENT』, 『정의의 아군 - I’m a loser』, 『WILL』, 『체인 포이즌』, 『파인 데이즈』, 『내일까지 5분 전』, 『정의의 편』 등이 있다.

『미싱』, 『모먼트』 같은 작품을 통해 삶과 죽음의 기로에 선 사람들을 그려온 그는 새로운 대표작 『디리』를 계기로 미디어믹스 작업에도 참여하여 2018년 여름 아사히 TV에서 방영된 드라마 [디리]의 원안과 각본(1, 5, 8화)을 맡았다. 이 드라마는 방영 후에 각종 드라마상을 휩쓸며 작품성을 인정받아 화제작으로 자리매김했다.