1943년 스위스 루체른에서 태어났다. 만 열세 살에 처음으로 소설을 쓰기 시작했지만 세 단락을 쓴 뒤 더는 이어나가지 못했다. 그러다가 나중에 미국으로 건너가 경제적인 어려움을 겪으면서 글을 다시 쓰게 되었다. 지금은 미국, 독일, 스위스를 오가며 작가로 활동하고 있다. 첫 번째 작품으로 어른들을 위한 역사 소설을 쓴 뒤 자전 소설인 『달을 보고 슬피 울지 마라』라는 책을 썼으며, 이 작품은 저자를 대표하는 작품이 되었다. 베르너 J. 에글리의 작품들은 전 세계 여러 언어로 번역 출판되어 큰 성공을 거두었다. 1980년 프리드리히-게르스테커 상을 받았고, 1988년 ZDF방송국에서 선정한 독자추천상을 받았다. 1994년 베를린 시로부터 청소년문학상을 받았으며, 2002년에는 세계적으로 귄위 있는 한스 크리스티안 안데르센 상의 최종 후보 작가로 선정되기도 했다. 그동안 그가 발표한 책들로는 『얼음 속의 불』『폭풍 속의 이방인』『아마존의 황금』등이 있다.