1951년 일본 교토에서 재일조선인 2세로 태어났다. 와세다대학 불문과를 졸업하고 1971년 ‘재일교포 유학생 간첩단 사건’으로 구속된 형 서승, 서준식의 구명과 한국의 민주화를 위한 운동을 펼쳤다. 이때의 체험과 사유는 이후 저술과 강연, 사회 운동으로 이어졌다.

성장기의 독서 편력과 사색을 담은 『소년의 눈물』로 1995년 ‘일본에세이스트클럽상’을, 『시대의 증언자 쁘리모 레비를 찾아서』로 2000년 ‘마르코폴로상’을 받았고, 2012년에는 민주주의와 소수자 인권 신장에 기여한 공로로 ‘후광 김대중학술상’을 수상했다.

1992년 한국에 번역 출간되면서 많은 독자의 공감을 얻은 『나의 서양미술 순례』 이후, 그의 미술 순례 여정은 ‘우리’와 ‘미술’이라는 개념을 탈(재)구축하려는 시도였던 『나의 조선미술 순례』를 거쳐, 일본 근대미술의 이단자 계보를 따라가는 『나의 일본미술 순례』로 이어지고 있다. 『청춘의 사신』, 『고뇌의 원근법』, 『디아스포라 기행』, 『나의 이탈리아 인문기행』, 『나의 영국 인문 기행』 등의 저서를 통해 폭력의 시대와 차별에 맞선 예술가의 삶과 작품을 소개했으며 『난민과 국민 사이』, 『고통과 기억의 연대는 가능한가?』, 『내 서재 속 고전』, 『시의 힘』, 『언어의 감옥에서』, 『다시, 일본을 생각한다』 등의 사회 비평, 인문 교양 관련 서적을 출간했다.

2000년부터 도쿄경제대학에서 현대법학부 교수로 재직하면서 인권론과 예술론을 강의하고 도서관장을 역임했으며 2021년에 정년퇴직했다. 2022년에는 한국과 일본에서 동료와 후학 등이 그의 퇴임을 기념하는 문집과 대담집인 『서경식 다시 읽기』와 『徐京植 回想と對話(서경식 회상과 대화)』(高文硏)를 발간했다.

약자와 소수자를 위한 저자의 관심은 줄곧 이어졌다. 그의 책에서 “‘우리 민족’뿐 아니라 미얀마, 벨라루스, 팔레스타인……. 악몽과 고통은 전 세계에서 이어지고 있다”고 썼다. “본시 땅 위엔 길이 없다. 걷는 이가 많아지면 거기가 곧 길이 되는 것이다”라는 루쉰의 말을 인용하며 “한국의, 그리고 전 세계의 ‘작은 사람들’의 편에 최후까지 서 있고 싶다”고 했던 저자는 2023년 12월 18일 향년 72세의 나이로 별세하였다. 그의 『이탈리아 인문 기행』 『영국 인문 기행』에 이은 세 번 째 인문 기행 『미국 인문 기행』이 2024년 1월 나올 예정이다.