사랑을 모르고 자란 메리는 전염병으로 부모를 잃고 졸지에 고아가 됩니다. 그리고 멀리 고모부 댁으로 오게 되지요. 낯선 고모부 집에서도 메리는 고집불통에 심술퉁이였습니다. 그런데 어느날 아무도 들어가지 않는 비밀의 정원을 발견하면서 메리에게 변화가 생기기 시작합니다. 비밀의 정원을 살리기 위해 일도 하고, 자연을 누구보다 사랑하는 디콘과도 친구가 되지요. 그리고 자신의 처지와 비슷한 붉은가슴울새를 만나 마음을 나눕니다. 계절이 바뀌고, 정원이 살아나는 것을 보면서 메리와 디콘은 자연의 아름다움과 신비한 힘을 느끼게 됩니다. 그리고 그 신비한 힘을 저택에 숨어 살던 사촌 콜린에게도 나누어 줍니다. 콜린은 그 신비한 힘을 ‘마법’이라고 부르지요.

자연 속에는 우리가 ‘마법’이라고 부를 만큼의 신비한 힘과 매력이 숨어 있습니다. 아이들은 비밀의 정원에서 그 마법을 발견하고, 웃음을 찾아가지요. 아이들의 모습을 통해 자연을 사랑하는 마음과 자연의 소중함을 느낄 수 있는 작품입니다.