인간과 요괴가 공존하는 전란의 시대. 수십 년 동안 이어져 온 전란은 아직도 끝나지 않은 채, 많은 무장들이 각각의 주군을 모시며 끊임없는 전투를 계속하고 있었다. 그 속에서 천하통일을 꿈꾸던 난세의 무장, 다이고 카케미츠는 자신의 야망을 이루기 위해, 곧 태어날 자신의 아이를 48마리의 요괴에게 바치고 거대한 힘을 손에 넣는다. 한편 아이는 눈, 코, 귀, 손, 발 등 신체의 48부위를 요괴에게 빼앗긴 채 태어나고 곧바로 부모의 손에 버려지고 만다. 구사일생으로 뛰어난 의사의 손에 키워진 아이는 햐키마루라는 이름과 인조의 몸을 얻게 된다. 그리고 자신의 정체성과 요괴들에게 빼앗긴 신체를 되찾기 위해 여행을 떠나는 햐키마루. 한편, 남장을 한 채 도둑질을 하며 살아가고 있던 소녀, 도로로는 어느 마을에서 요괴와 싸우는 햐키마루를 발견한다. 그의 신비한 몸과 그가 팔 대신 차고 있던 명검에 흥미를 느낀 도로로는 그와 함께 길을 떠날 것을 결심하는데…!인간에게 마음을 열지 못했던 햐키마루와 부모의 원수를 갚기 위해 검을 원하는 도로로. 두 사람의 만남은 예기치 못한 결론을 이끌어 내는데…?!