이곳은 학원도시의 모든 여학생들이 선망의 눈길을 보내는 명문 여학교 토키와다이 중학교. 물론 다니는 학생들은 모두 ‘아가씨’다.
그 ‘아가씨’들 중 한 사람, 미사카 미코토가 체육 수업이 끝난 후에 땀에 젖은 몸을 씻으려고 샤워를 하고 있는데 옆에서 한 소녀가 말을 걸었다.
시라이 쿠로코. 학원도시의 치안을 지키는 ‘저지먼트(선도위원)’이자 텔레포트(공간이동) 능력을 갖고 있는 레벨4(대능력)의 소녀. 그녀는 미코토에게 방과 후에 같이 쇼핑을 가자고 한다.
―그것이 쿠로코의 기나긴 하루의 시작이 되었다. 언니 미사카 미코토의 진짜 모습을 알게 되는 기나긴 하루의….
언니와 ‘그 신사’가 교차할 때 시라이 쿠로코의 이야기는 시작되는 거예요?!