과학과 철학을 모두 전공한 저자가 우주선(cosmic rays), 마취, 텔레비전부터 반도체, 인공지능, 힐베르트의 난제들까지, 47개의 발견 사례를 기차역에 비유해 풀어쓴 과학 교양서. 발견 사례에서 생각해볼 만한 주제는 역사의 풍경에 비유해 각 제목 밑에 적어두었고, 기차역들이 연결되어 하나의 지역을 형성하듯이 발견 사례들은 서로 연결되도록 구성하였다. 주로 19~20세기에 해당하는 사례들을 다루었으며, 각 사례들은 과학의 여러 분과들이 탄생하고 학제적으로 연결되는 과정과 맞물린 것들로 선별하였다.

『생각의 기차 2』에서는 ‘동적인 관점의 확장’, ‘갈래치기’, ‘새로운 실험 방법론’, ‘학제간 연구’, ‘과학의 세속화’ 등의 주제를 다룬다. 여기에 등장하는 발견들로는 ‘대륙이동설, 지구 구조, 크로마뇽인, 프랙탈, 반도체, 애플, 인공지능, 본성과 양육, 블랙박스 논쟁’ 등이 있다.