“너는 사실, 쿠나기사 토모를 싫어하는 게 아닐까?”
천재공학자 쿠나기사 토모의 옛 ‘동료’ 우츠리기 가이스케가 갇혀 있는 샤도 쿄이치로 박사의 연구소. 헛소리꾼 이짱은 쿠나기사 토모에게 억지로 이끌려 스즈나시 네온과 함께 우츠리기 가이스케를 구하기 위해 수수께끼의 그 연구소를 찾아간다.
우츠리기를 만난 이짱 일행은 그를 데리고 연구소 밖으로 나오려고 하지만 그를 연구소에 가둬두고 있는 샤도 쿄이치로 박사는 길길이 날뛰며 반대한다. 그리고 어째서인지 우츠리기 본인도 연구소에서 나갈 의지를 보이지 않는데….

우츠리기를 남겨두고 숙소로 돌아온 이짱 일행에게 다음 날 청천벽력같은 소식이 전해진다. 그것은 다름 아닌 우츠리기 가이스케의 죽음! 벽에 걸린 채 참혹하게 난도질당한 사체의 모습에 그 자리에 있는 모두가 할 말을 잃고 만다. 그리고 동시에 연구소에 있는 모든 사람들이 우츠리기 가이스케 살해 용의자로 지목되고 만다!
샤도 쿄이치로 박사는 외부인인 이짱 일행을 유력한 용의자로 보고 감옥에 가둔다. 이대로라면 꼼짝없이 범인으로 몰려 처벌될지도 모르는 상황! 그때 이짱 일행의 앞에 이시마루 코우타라는 여자가 나타나 이짱에게 진짜 범인을 찾자는 제안을 한다. 이짱은 그 제안을 받아들여 쿠나기사 토모와 스즈나시 네온을 감옥에 남겨두고 코우타와 함께 우츠리기의 사체가 있는 제7동으로 향한다.
샤도 쿄이치로 박사의 눈을 피해 어렵사리 살해 현장에 도착한 이짱과 코우타. 그리고 그들은 우츠리기의 사체에서 특이한 점을 발견하게 되는데…!