갑자기 지구 침공을 개시한 미지의 이성체 JAM. 인류는 이에 맞서기 위해 실전조직 FAF를 페어리 성으로 파견, 특수전 제5비행전대에 소속된 후카이 레이 또한 전술전투 전자정찰기 유키카제와 더불어 치열한 전투의 나날을 보내고 있었다.
하지만 작전행동 중에 피탄당한 유키카제는 레이를 기체 밖으로 사출하고 자신의 데이터를 최신예 기체로 전송한다 ―이제 인간은 필요 없다고 판단한 것처럼.

인간과 기계의 반목을 극한까지 추구한 시리즈 제2작.