타카미야 세이쥬는 연금술사들의 비밀결사 단체인 'D'를 빠져나와 샤나와 함께 교외에서 평화로운 생활을 보내고 있다. 그런데 제3세력 'C'의 출현으로 또 다시 그들 주위에 기묘한 사건이 일어나는데...?!