『마고의 숲』은 인류 신화, 역사를 모티브 삼은 독창적이고 한국적인 장편환상동화이다. 인류의 신화 역사를 다룬 작품으로, 상고사의 신화적 동화가 장편으로 쓰이기는 처음이다. 이 작품의 핵심 모티브인 마고는 신의 영역에 있기보다 엉뚱하고 우직한 인간의 성격을 띠며 '대자연의 어머니'로 승화된다.

숲을 파괴시켜 발달해 온 인간 문명에 대한 강한 비판과 자연에 대한 사랑은 이 작품의 가장 현실적인 주제이다. 작품 곳곳에서 끊임없이 소비를 재촉하는 자본주의 속성과 탐욕에 찬 인간의 자기중심적 이기주의, 뿌리를 잊고 살아가는 문명 세계를 비판하고 있다. 또한 고대 경전 『천부경天符經』과 동양의 기서 『산해경山海經』의 세계에 착안한 이 작품은, 동양적이고 한국적인 철학 사상에 바탕을 두고 있다. 작품의 종결에서 보여 주는 '하늘 땅 사람-천지인' '하나 사상'은 『천부경天符經』에서, '죽지 않는 나라' '반쪽이새' '일목이' 등은 작가의 빛깔에 맞게 해석, 재구성한 것이다.