신지와 아스카가 훈련을 받던 도중 갑자기 경보음이 울리며 실험시설에서 사고가 발생, 레이가 사라져버린다! 그러나 사태를 예측한 겐도가 미리 손을 써놓았는데... 납치사건을 계기로 더욱 친밀해지는 신지와 레이!
학원 에바 제3권!!