고대 남아메리카의 신전에서 발견된 유물 '크리스털 해골'을 주제로 이야기가 펼쳐진다. 지금까지 발견된 크리스털 해골의 진위 여부에 대한 논란 속에서, 크리스털 해골이 어디서 왔는지, 무엇을 위해 만들어졌는지, 그리고 현재 우리에게 어떠한 의미가 있는지에 관하여 인문학적 깊이를 가지고 다큐멘터리처럼 현장감 있게 그려내고 있다.

철학, 환경 문제를 주제로 다루는 다큐멘터리 제작자인 크리스 모턴과 세리 루이스 토머스는 중앙아메리카에서 휴가를 보내던 어느 날 폐허가 된 고대신전에서 현지인으로부터 고대 남아메리카에서 전해 내려오는 크리스털 해골에 관한 이야기를 접하게 된다. 아메리카 원주민들의 아주 먼 옛날부터 내려오는 전설에 따르면 실물 크기의 견고한 크리스털 해골 13개가 존재했는데, 이 해골들은 인류가 존재하는 목적과 미래의 운명에 관한 지식을 담고 있고, 언젠가 인류에게 큰 위기가 닥칠 때 인류의 생존을 위해 반드시 필요한 것이라고 한다.

이에 저자들은 크리스털 해골의 개인소장자들과 대영박물관, 스미소니언, 파리박물관 등에 소장된 수정두개골들을 찾아다니며 정보를 하나하나 수집해 나가는 과정을 흥미진진하게 묘사하고 있으며, 크리스털 해골의 과학적 혹은 비과학적 검증을 시도한다. 크리스털 해골의 실체에 대한 이러한 다각적 접근은 영화보다도 고고학적인 재미가 쏠쏠하고, 인문학적인 깊이가 있는 동시에 지구의 환경, 생태계에 대한 경고 메시지도 강한 여운을 남긴다.