예전 폭파 처리반의 전설적인 형사, 마쯔다가 순직한 폭탄 사건으로부터 3년이 지난 같은 11월 7일에 시라토리 경위의 차가 폭발! 그와 동시에 폭탄을 장치한 장소를 가리키는 암호문이 도착한다. 암호를 푼 코난과 다카기는 도쿄 타워의 엘리베이터 안에 갇히고 마는데... 그 안에 폭탄이...?!