미래의 음양사를 육성하는 ‘음양학원’. 그곳은 머지않아 밤하늘에 날아다닐 어린 밤까마귀(레이븐)들이 힘과 인연을 키우는 둥지이다.
누군가에게 발견되면 비밀이 들킬 수도 있는 물건을 학원 안에서 잃어버린 나츠메는 하루토라들과 함께 밤의 학원에 잠입한다. 그리고 최근 밤의 학원을 배회하고 있다고 하는 수수께끼의 식신과 우연히 만나게 되는데…?!
한밤중의 음양학원에서의 소란과 천재 미소녀로부터의 도망, 콘 증식(?!) 사건 등, 음양학원에서의 즐겁고 선명했던 날들이 여기에 그려진다.
전설의 음양사, 츠치미카도 야코우와 그의 식신 히샤마루, 카쿠교우키의 지난날의 추억을 그린 신작도 수록.