미사토의 지시에 의해 합동 싱크로 테스트를 받게 된 신지와 레이. 그러나 둘은 갑자기 암흑에 휩싸여 수수께끼의 도시에 남겨진다! 신지는 무서워하는 레이를 달래며 탈출을 시도하지만...?!
본격적인 신지 육성계획이 시작되는 학원 에바 제5권!!