제11판이 출간된 후 2016년 1월 6일 재정신청결정에 관한 제262조 제4항이 개정되었고, 다시 2016년 5월 29일 형사소송법이 개정되었다. 피해자와 증인 등 사건관계인의 개인정보보호를 위하여 재판장은 소송서류 등의 열람?복사에 앞서 사건관계인의 성명 등이 공개되지 않도록 보호조치를 할 수 있고, 과학적 분석결과에 기초한 디지털포렌식 자료 등으로 진술서 등의 진정성립을 증명할 수 있도록 하였으며, 재심에서 피고인 등 재심을 청구한 사람이 원하지 않는 경우에는 재심무죄판결을 공시하지 않을 수 있도록 관련규정이 개정된 것이다.

제12판은 개정된 위 규정의 입법취지와 내용을 서술하였고, 전자정보에 대한 압수수색과 집행 후 절차, 디지털증거의 증거능력에 관하여 그 내용을 보충하였다. 그 밖에 감정서의 증거능력과 증명력의 문제, 상상적 경합과 이중기소, 항소심의 양형판단, ?소송촉진 등에 관한 특례법?에 따른 재심절차 등을 새로 서술하고, 2016년 7월까지 선고된 대법원 판결과 헌법재판소 결정을 검토하여 본서에 반영하였다.