학교 밑에 진짜 학교가 숨어 있다?
미스터 비는 호퍼의 아빠가 자신과 관련된 인물임을 직감하고, 호퍼 일당들의 방해 작전을 수정한다. 두 번째 출입구 미션을 해결한 호퍼, 에니, 조시는 미스터 비의 안내로 학교 지하에 숨겨진 미션을 해결하고, 그곳에서 진정한 ‘시크릿 코더’로 성장해 간다. 한편, 스테이틀리 아카데미 교장은 럭비 팀을 꼬드겨 리틀 가이와 미스터 비를 납치해 지하에 있는 최강의 터틀봇을 훔치려고 한다. 과연, 시크릿 코더들은 이들을 구출하고, 교장의 비밀을 밝혀낼 수 있을까?