『신황정통기』는 『우관초』『독사여론』과 함께 일본의 3대 사론서로 꼽히는 책으로, 일본의 신국사상의 교범으로서 각광을 받았다. 일본은 신명이 가호하는 신국으로 타국보다 강하고 우월하다는 의식을 바탕으로 일본은 신의 자손인 천황이 대대로 통치하는 국가이며 그 점에서 타국과 구별된다고 주장한다.

저자 지카후사는 남북조 동란기에 활약했던 남조를 대표하는 귀족 정치가이자 사상가로, 위기에 빠진 남조의 정통성을 주장할 목적으로 이 책을 저술했다. 남조의 천황이야말로 일본의 정통한 군주임을 역설하면서 천황의 절대적인 권위와 황위 계승의 역사를 논하고 있다. 또한 이 책에는 중세의 신도론, 유교적 덕치주의, 불교의 말세관 등 중세 일본인의 종교와 세계관, 정치이념 및 국가의식이 농축되어 있어 전근대 일본의 사상 나아가 동양 사상을 이해하는 데 풍부한 자료를 제공한다.