어느 날 갑자기 달이 폭발해 7할이 증발했다. 그 사건의 범인은 1년 후 지구도 폭발시킬 예정이라고 하는 초생물.
그런데 어째서인지 그 괴물이 찾아간 곳은 어느 중학교 교실로, 이곳에서 교사가 될 예정이라고 한다.
인간의 상식을 훨씬 뛰어넘는 능력을 갖고 있으며, 군대를 동원해도 죽일 수 없는 이 괴물의 암살을
각국의 수뇌들은 어쩔 수 없이 그 괴물이 담임을 맡을 쿠노기가오카 중학교 3학년 E반 학생들에게 의뢰하게 된다.
성공보수는 100억 엔. 낙오자들의 클래스, END의 E반 학생들은 졸업할 때까지 이 암살대상인 교사, “살생님”을 죽일 수 있을 것인가?....