중학생인 사이온지 노아는‘페어리어’연구의 일인자인 사이온지 슈의 아들이다.
그는 어릴 적 키우던 페어리어가 실험용으로 희생되는 것을 보고, ‘다시는 요정과 같이 살지 않겠어’라고 스스로 맹세한다.
그러던 어느 날 노아는 우연히 주워 키우게 된 클레마티스라는 꽃에서 또다시 요정을 탄생시키게 된다.
요정을 키우지 않겠다고 굳게 닫아버린 노아의 마음도 시간이 흐르면서 조금씩 열리기 시작하고 ‘클레아’라 이름 지은 그 요정이‘페어리어’가 아닌 ‘페어리얼’이라는 종류라는 걸 알게 되는데….