대인기 크리에이터 콤비가 선사하는 새로운 학원 묵시록 『어서 오세요 실력지상주의 교실에』 제2권. 학생의 모든 것을 실력으로 평가하는 완전한 실력주의 고도 육성 고등학교. 레벨이 가장 낮은 D반에 소속된 아야노코지는 마음씨 좋은 미소녀 쿠시다 키쿄의 부탁으로, C반의 음모로 정학 위기에 놓인 불량아 스도를 도와주기로 한다. 옆자리의 호리키타 스즈네에게도 부탁해보지만 그녀는 왠지 소극적이다. 총명한 호리키타에게서 받은 유일한 힌트는 같은 반 촌스러운 소녀 사쿠라 아이리의 존재. 사건의 열쇠를 쥔 그녀를 추적하던 중 아야노코지와 그 친구들은 사쿠라의 숨겨진 비밀을 알게 되는데…….