김영재교수는 한국 교회사에 대한 저술의 과제를 "성경을 규범으로 삼되 교회와 성경 이해를 포함하는 신학을 그 전통에 비추어 평가하며, 또한 그것을 한국의 역사적, 문화적, 사회적인 상황에 비추어 고찰함으로써 한국의 교회와 신학이 지향할 방향을 제시하는 것"으로 규정한다. 따라서 '교회사'는 기독교를 일반 종교의 하나로 보고 종교사나 문화사적 관점에서 기독교의 전래와 성장을 역사적으로 기술하는 '기독교사'와는 다른 차원을 갖는다.

『한국 교회사』는 한국 교회 역사에 있었던 일들을 저자의 서술 방식에 따라 신학적으로 조명하고 반성한, 부단히 노력한 결과물이다. 1992년 개혁주의 신행협회에서 출간된 본서는 1980년 독일 마르부르크 필립 대학교에서 취득한 박사학위 논문인 "한국 개신교와 칼빈주의 전통"을 근간으로 하고 있어서, 장로교를 중심으로 서술되었으나 2004년 재판을 내면서 다른 교파 교회들의 역사도 함께 병행 서술함으로써 더욱 균형을 갖춘 명실상부한 한국교회사의 면모를 갖추게 되었다.