고종시대의 역사는 상당 부분이 '식민통치' 차원에서 선택되고 왜곡된 기록들로 남아있다. 이와 같은 상태가 지속된다면 연구자들은 역사의 진실을 알리는 공문서마저 제대로 활용할 수 없는 상황에 놓이게 된다. 저자들은 이런 상황을 타개하기 위해 규장각 소장의 고종시대 공문서들의 현황을 조사하고 정리해 바로 잡는 사업을 진행했고, 『고종시대 공문서 연구』 또한 그 결과물의 하나다.

이 책은 심각하게 폄하된 고종시대의 역사를 제대로 이해하기 위한 공문서 활용의 틀을 제시한다. 이는 당시의 역사 연구에 대한 모든 해법을 주지는 못하지만, 복잡한 공문서의 유형과 내용, 관리체계 등을 좀 더 명확하게 알 수 있도록 한다. 또, 이 책에 수록된 자료들은 단순히 실패한 역사에 대한 연구 사료로 활용되는 것만이 아니라, 조선왕조 이후 나타난 근대국가로의 변모와 공문서체계 변화의 흐름 등을 파악할 수 있는 길을 제시한다.