미국 뉴욕에서 태어났으며 본명은 마거리트 페기 구겐하임이다. 20세기 최고의 미술 후원자 중 하나로 수많은 예술가들의 연인이자 친구였다. 거부 집안에서 호화롭게 자랐으나 가족사 등으로 인해 정서적으로는 불안한 어린 시절을 보냈다. 1912년에는 아버지 벤저민 구겐하임이 타이타닉 호 침몰로 사망해 큰 상실감을 느꼈다. 이십 대 초반 거액을 상속받은 후 파리로 건너가 여러 예술가들과 교류하게 되었으며 아방가르드 미술의 거장인 마르셀 뒤샹에게 현대 미술을 배웠다. 뒤샹은 초현실주의와 입체주의 등 현대 미술의 흐름을 가르쳤을 뿐만 아니라 아르프, 칸딘스키 등을 소개하고 여러 작가들의 작업실과 전시회에 데려가 안목을 높여 주었다.
1938년 런던에 구겐하임 죈 화랑을 열어 본격적으로 작품을 수집하기 시작했으며 브랑쿠시, 콕토, 칸딘스키, 아르프 등을 미술 무대의 전면으로 끌어냈다. 제2차 세계 대전 중 유럽의 미술품들을 집중적으로 사 모아 초현실주의 컬렉션을 이루었으며 브르통, 막스 에른스트 등 작가들의 미국행을 도왔다. 1942년에는 뉴욕에 금세기 미술 화랑을 개관해 유럽에서 수집한 컬렉션을 미국에 선보였다. 모빌의 창시자인 알렉산더 콜더, 액션 페인팅으로 유명한 잭슨 폴록을 비롯해 로버트 머더웰, 마크 로스코 등을 발굴하고 지원해 주었다.
1940년대 후반 뉴욕 화랑을 접고 전부터 여생을 보내기로 마음먹은 베네치아로 떠났으며 1948년 베네치아 비엔날레에서 자신의 컬렉션으로 큰 호응을 얻었다. 1949년부터는 베네치아의대운하에 면해 있는 18세기 대리석 건축물 팔라초 베니에르 데이 레오니에서 살기 시작해 1979년 사망할 때까지 30여 년 여생을 그곳에서 보냈다. 그의 저택은 현재 페기 구겐하임 미술관으로 남아 있다.