본서는 3부로 나누어져 있으며, 각 장의 맨 앞에는 공부해야 할 핵심용어와 학습목표를 분명히 제시하고 본문에서 그 해답을 찾을 수 있도록 하였으며, 구성 특징은 다음과 같다.

제1부에서는 기초임상미생물학 편으로 1장에서 3장까지는 임상미생물학을 공부하는 데 필요한 임상미생물검사실의 조직과 주요 업무, 임상미생물의 진단검사, 해부학적 부위에 따른 세균 감염증의 실험실 진단 등 지금까지의 교재에서는 다루지 않았거나 소홀히 다루었던 부분 중에서도 임상미생물학을 학습하는 데 매우 기본적이고도 중요한 내용을 담고 있다. 제2부에서는 의학세균학 편으로 4장에서 12장까지는 인체에 감염을 일으키는 중요한 세균들의 특징과 병원성, 임상적 진단 및 치료에 이르기까지 다양한 세균에 관한 최신 진단 기법들을 알기 쉽게 다루었다. 제3부에서는 의학진균학, 의학기생충학, 의학바이러스학 편으로 13장에서 15장까지는 임상미생물 중에서 진균, 기생충, 바이러스의 감염과 실험실 진단, 치료 및 예방에 이르기까지 다양한 미생물 감염병에 대한 핵심 내용을 다루었다.