박사님의 방에서 첫사랑으로부터 10년마다 추억의 장소에서 만나자고 쓰여진 40년 전의 편지가 나온다. 편지에는 장소를 표시한 것으로 추정되는 암호 같은 숫자도 써 있다. 우연히 오늘이 40년 후의 날이다. 코난과 소년 탐정단은 암호를 풀어나가는데…….