주인공 에미야 시로는 10년 전 대화재 속에서 양아버지이자 마술사인 키리츠쿠의 도움으로 극적으로 살아난 고교생 소년.
아버지의 영향으로 남의 부탁은 거절하지 못한 채 다 들어주는 에미야는, 비록 마술에 재능은 없지만 많은 사람들을 구하는 정의의 수호자가 되겠다고 결심하며 하루하루를 보내고 있었다.
그러던 어느 날 밤, 궁도부의 뒷정리를 하느라 늦게까지 학교에 남아 있었던 에미야는 우연히 서번트 아처와 랜서의 싸움을 목격한다.
하지만 이것을 눈치 챈 랜서는 목격자인 에미야를 창으로 찔러 죽이지만, 클래스메이트인 토오사카의 치료를 받아 극적으로 다시 살아나는데…?!
그가 살아난 것을 알고 다시 습격해오는 랜서와 위기의 상황에 몰린 에미야.
죽음의 위기에 닥쳤을 때 시로의 굳은 결심은 어떤 인물을 이 세계로 초청한다!!
그리고 성배전쟁은 그 시작을 알리는데…!! 원하는 것은 뭐든지 실현시켜 준다는 ‘성배’.
그 성배를 얻기 위한 일곱 마법사와 그 서번트들의 치열한 전쟁! 과연 그 승자는?!