인터넷 동호회 '보이니치 리스트' 회원인 청년신부 엑토르는 예수회 학교를 몰아내려는 시 당국의 정책에 대항해 학교 지하에 숨겨진 유물의 가치를 증명해 달라는 수도원장의 부탁을 받는다. 엑토르는 보이니치 필사본을 둘러싼 예수회와 과학자들, 그리고 그 시대의 배경을 역추적함으로써 르네상스를 거쳐 큰 변화를 맞이하던 시기에 벌어진 과학계와 종교계의 갈등을 파헤친다.

스페인 신예작가 엔리케 호벤의 장편소설 『보이니치 코드』는 쓰여진 지 600년이 지나도록 의미를 풀어낼 수 없는 책, '보이니치 필사본'을 소재로 하고 있다. 물리학자이자 스페인 천체물리학연구소 연구원인 작가는 천동설이 지배하던 시대에 천체의 움직임이 이전과 다르다는 혁명적 사실을 알아낸 과학자들이 이를 세상에 밝히지 못하고 암호문서를 만들었다는 상상에서 소설을 시작했다. 15세기 최고의 천문학자 브라헤가 암살된 것이라 주장하는 책 『천상의 음모』 등 학계의 다양한 가설과 물리학-천문학 지식이 똘똘 뭉쳐 탄탄하고 매력적인 구조를 만든다. 진실을 밝히려는 주인공의 현란한 두뇌게임으로 박진감 넘치는 이 작품은 근대와 현대, 과학과 종교, 역사와 철학의 범주를 넘어 세상에 존재하는 수많은 정답들을 다시금 되새겨보게 한다.