마음씨 착한 세균 샘은 이유도 모른 채 사악한 박테리아 여왕의 군대에 끌려가요. 그곳에서 보티 상사를 만나 훌륭한 군인이 되기 위한 훈련을 받지요. 엎드려뻗쳐, 윗몸일으키기, 크고 무거운 무기 휘두르기 등 용감한 군인이 되는 길은 멀고도 험해요. 줄무늬 잠옷을 입은 꼬마가 손 씻는 것을 잊은 어느 날, 드디어 박테리아 여왕이 이끄는 변기 세균 부대는 꼬마의 몸으로 돌진해요. 변기 세균들과 항체 군대가 숨 막히는 치열한 싸움을 벌이는 전쟁터. 그곳에서 샘은 뜻하지 않게 항체 군대의 엘라를 만나고, 첫눈에 반해 사랑에 빠지고 말아요. 꼬마를 해치고 싶지 않은 착한 샘, 샘은 이제 어떻게 해야 할까요?

『으악, 세균이다!』에는 우리 몸을 병들게 하는 나쁜 변기 세균들과 그에 맞서 싸우는 착한 항체들이 등장합니다. 몸을 병들게 하는 나쁜 세균과 건강을 지켜 주는 항체들이 의인화되어 표현되어 있습니다. 우리 몸이 외부의 세균을 물리치는 과정을 재미있는 동화로 풀어내, 어린이들로 하여금 청결의 중요성을 자연스럽게 알 수 있도록 도와줍니다. 또한, 나쁜 세균이 몸 속에 들어오지 못하게 하는 방법으로 ‘깨끗하게 손 씻는 방법’을 알려 줍니다.