20XX년, 인류 중에서 갑자기 출현한 능력자들… 어떤 자는 육체를 변이시키고, 어떤 자는 초현실적인 힘을 휘둘렀다. 사람들은 그들을 가리켜 '얼터드(변이체)'라고 했다…! 진과 레이의 형제 대결로부터 반년 후. 'AREA D'로 향하는 호송선에 한 소년이 잠입해 있었다… 소년의 이름은 하자마 료. 잠입공작원인 그가 받은 명령은… 놀랍게도 카자라기 진의 살해! 수수께끼의 섬을 둘러싼 이야기는, 새로운 스테이지로 돌입!!!