壬辰倭亂을 겪은 지 5년만인 宣祖 29년에 太醫 許浚이 왕명을 받들어 儒醫 鄭?, 太醫 楊禮壽, 金應鐸, 李命源, 鄭禮男 등과 함께 局을 設하고 東醫寶鑑을 撰集하게 되었는데, 아직 완성을 보기 전에 다시 丁酉의 亂을 만나 諸醫들은 사방으로 뿔뿔이 흩어지고 그 일은 중단되었다. 그 후 宣祖가 內藏方書 500권을 내어 주며 許浚에게 단독으로 그 撰集을 완성토록 명하여 전후 10여년에 걸쳐 刻苦의 노력 끝에 光海君 2년에 이르러 그 業을 마치었다.
本書는 內景, 外形, 雜病, 湯液, 鍼灸의 5大綱으로 분류하고 各 綱의 類에 따라 項을 列하였으며, 各 項의 類를 目으로 나누고, 各 項目 아래에는 그 項에 해당되는 病論과 方藥을 빠짐없이 採錄하였을 뿐만 아니라 그 出典을 밝혀 各 病證에 관한 古今의 治方을 일목요연하게 파악할 수 있도록 하였다.
本書는 출판된 후로 日本, 中國에 전하여 수차에 걸쳐 刊行되었으며, 中國板 凌魚의 序에 “天下의 寶를 천하와 함께 한 것이다”라고 하였고, 日本板 源元通의 跋에 “保民의 丹經이요 醫家의 秘?이다”라고 칭송하였다.
아마도 우리나라 사람의 저서로서 東醫寶鑑처럼 중국인이나 일본인에게 그렇게 널리 읽혀진 책은 없을 것이다. 또한 本書는 출간된 이후 줄곧 한국 의학계의 바이블이 되어 왔으며, 入門派, 回春派, 正傳派 등과 더불어 寶鑑派라는 한 학파를 형성하였다.
本書는 오늘날에도 한의학계의 중요한 서적으로 자리 매김하고 있으며, 몇 권의 번역서가 출판되었으나 모두 本書에 대한 정확한 校正없이 책의 내용을 번역한 것에 불과하다. 정확한 校正이 수반되지 않는 번역은 그 의미가 크게 축소될 수밖에 없다.
이 책은 동의보감을 이해하고 배우는 데 있어서 다음과 같은 이점을 통해 도움을 주고자 한다.

. 원문에 구두점을 찍고 아울러 東醫寶鑑에서 인용한 서적을 거꾸로 고찰하는 방법으로 誤字, 脫字, 衍文에 대해 고증함
. 序文과 集例에서 王과 관련하여 띄어 쓴 곳은 그냥 文意대로 붙여 표시
. 處方에서 藥의 修治는 작은 글자로 표기
. 또한 原文에 대한 注文이 원문과 구별이 잘 안 되는 것은 작은 글씨로 표기
. 本書에서 사용된 漢字(略字 혹은 異字)는 가능하면 모두 컴퓨터에서 사용하는 漢字 혹은 正字로 교체