우주세기 0079, 지구에서 가장 먼 스페이스 콜로니인 사이드 3은 지온 공국을 자칭하며 지구 연방 정부에 독립전쟁을 선포한다. 그리고 교착상태에 빠진 전쟁-그 격전과, 전우의 죽음, 그리고 사랑하는 사람과의 만남과 이별을 통해 아무로와 화이트베이스 승무원들은 점점 전사로 성장해간다.
그리고 지상의 패권을 걸고 싸운 오뎃사에서 전황은 커다란 전환점을 맞이하고, 양군의 주 전장은 다시 우주로 옮겨진다!