정약전과 최익현의 유배 생활의 흔적을 좇으면서 조선시대 유배문화의 실상을 살펴보고, 정약전의 또 다른 유배지인 우이도를 방문하여 다양한 문헌자료, 그리고 우이도 주민 문채옥 씨와의 대화를 통해 정약전의 배소를 찾는다. 외딴 섬 쓸쓸한 공동묘지 아래 집을 지은 사연도 살펴본다. 또한 모래로 뒤덮인 섬 우이도에 있는 거대한 모래산과 사구를 탐사하는 등 현지 탐사와 취재, 문헌자료를 통해 우이도의 자연 속에 살고 있는 생물들과 문화를 소개한다. 그리고 정약전의 아들로 정약용이 자신의 학문적 후계자로 지목할 정도로 어릴 적부터 학문에 뛰어난 재능을 보인 학초가 죽자 그 후사문제를 둘러싸고 정씨 문중 안에서 오고갔던 편지 자료를 통해 당시 실학자들의 신분제에 대한 진보적 생각들을 엿본다. 또한 신기루의 해석을 둘러싼 실학자들의 열띤 토론과 논쟁을 소개하고 있으며, 실학자들의 지구설, 조수론을 소개하면서 당시 실학자들이 중화주의를 극복할 수 있었던 과학적 근거를 살펴본다. 우리 나라에도 인어가 있다는 정약전과 이청의 주장을 살펴보고, 아리스토텔레스와 정약전, 린네를 통해 동양의 분류학과 서양의 분류학을 비교하고, 동양에서 제대로 된 분류학이 발달하지 못한 이유를 살핀다. 그리고 젊은 개혁사상가들의 모임 죽란시사를 소개하며 그 구성, 활동, 의미, 정약전의 친구관계를 살핀다. 또한 정약전이 평민 문순득이 홍어를 사러 갔다가 표류한 얘기를 기록한 '표해시말'의 의미와 지금까지 실전失傳된 것으로 알려진 '송정사의松政私議'를 발견하게 된 사연과 원문 번역문을 소개하며 그 의미를 살핀다.