우주세기 0079, 콜로니 사이드 3는 지온 공국을 자칭하며 지구 연방 정부에 독립전쟁을 선포했다. 그리고 콜로니 사이드 7 내부에서 발발한 지온군과 수비대의 전투에 휘말린 소년 아무로는, 아버지가 개발한 신형 MS ‘건담’에 탑승하여, 비범한 조종을 보인다. 그리고 아버지와의 이별, 소녀 라라아와의 만남을 거쳐 뉴타입으로 각성하는 아무로. 과연 뉴타입들은 인간이 가진 가능성을 넓히는 선구자가 될 수 있을 것인가? 그리고 이 전쟁의 끝은?