천 년도 더 지난 먼 옛날, 세계에는 대등한 힘을 가진 강대한 나라가 존재하고 있었다. 라파엘의 눈동자라는 신의 가호를 받는 발스부르그 제국. 그리고 미카엘의 눈동자라는 신의 가호를 받는 라그스 왕국. 그리고 그 강대한 나라 중 하나가 멸망한 지금? 이야기는 시작된다. 발스부르그의 사관학교 학생 테이토는 졸업시험 직후, 자신이 발스부르그에 의해 멸망한 라그스 왕국의 후예라는 것을 알고, 사관학교를 탈출한다. 아야나미 일행의 추격이 이어지는 가운데, 테이토는 교회 주교들의 도음으로 교회에 숨어들고, 그 곳에서 세븐 고스트라 불리는 존재를 마주하게 되는데?