아카기 나오코가 만든 훈련 프로그램에 임하게 된 신지 일행. 훈련 내용은 가상 공간의 학교에서 탈출하는 일이지만 도중에 나타나는 적 때문에 쉽지가 않다. 신지는 스스로 미끼가 되고, 레이와 아스카에게 적의 섬멸을 부착하는데…?! 레이와 아크사가 협력(?)하는 ‘학원에바’ 제11탄!