불규칙한 생활 습관, 곡조가 맞지 않는 바이올린 연주, 이상한 화학 실험, 타인을 배려하지 않는 말과 행동 - 이런 셜록 홈스의 기이한 성격 때문에 평범한 사람들은 홈스와 가까워지기를 꺼린다. 『셜록 홈스와 베이커가 소년 탐정단』의 작가 마나세 모토는 이런 홈스의 유일한 친구 왓슨이 홈스의 곁을 떠난 날부터 이야기를 시작한다.

외로운 남자 셜록 홈스는 뇌와 정신의 긴장상태를 유지하기 위하여 몰두할 무언가를 필요로 한다. 그런 홈스를 안쓰럽게 여기던 왓슨마저 미국으로 떠난 후, 홈스는 그동안 그가 잠시나마 외로움을 잊을 수 있었던 건 의문투성이 범죄 사건이나 코카인 덕분이 아니라 그와 함께했던 협력자 왓슨 때문이었음을 깨닫는다. 친구가 즐겨 앉던 팔걸이의자가 비어 있다는 게 자꾸만 신경 쓰일 즈음, 그의 앞에 나타난 새로운 협력자 리암 메건. 홈스는 그와 함께 또 하나의 미스터리에 도전한다.