거인이 된 엘런의 활약으로 인류는 월 로제의 트로스트 구 탈환에 성공한다.
성공과 동시에 의식을 잃은 엘런이 눈을 뜨자 그곳에는 조사병단 단장 엘빈 스미스의 모습이.
엘빈은 거인의 수수께끼가 잠들어 있는 엘런의 생가를 조사하기로 결심한다.
그러기 위해서는 엘런의 힘이 필요하다고 하는데….