더 이상 되풀이하지 않을 거야. 여기서 끝내겠어.
재구축된 세계에서도 서로에게 끌리는 유우키와 세카이.
세카이는 차츰 학교에도 적응해나가고, 그들의 평화로운 나날은 이번에야말로 계속될 것처럼――보이지만. 어딘가 애매한 세카이의 태도에 유우키는 수상함을 느낀다.
그러던 어느 날, 치요의 폭로로 세계와 세카이의 비밀이 밝혀지고 무정하게도 결단의 시간이 눈앞에 다가와 있다는 사실을 알게 된다.
츠쿠모 기관에서 도망치기 위해 온갖 수단을 동원한 도피행. 그 끝에 겨우 다다른 곳은 어느 항구 마을의 수도원.
그곳에서 작은 ‘소원’을 이루고자 하는 두 사람을 기다리는 운명은―.