남극에서 펼쳐지는 지구연방과 지온 잔당군의 사투.
모두의 예측을 뛰어넘는 전쟁이 시작된다!

우주세기 0079년의 썬더볼트 주역 섬멸전에서 살아남은 이오 플레밍과 대릴 로렌츠. 두 사람의 숙명은 이듬해, 0080년의 ‘지구’로 이어진다. 신흥교단 ‘남양동맹’이 가세하며 싸움은 삼파전으로 점점 더 격렬하게 전개되고, 그들에게 빼앗긴 ‘리유즈 P 디바이스’를 되찾기 위한 작전인 ‘썬더볼트 작전’에서 이오는 새로운 건담 아틀라스를 수령하게 된다.
극한의 땅 남극을 전장으로 사투를 벌이는 지구연방군과 지온 잔당군. 지온의 수중용 MS가 연방군을 상대로 습격해오고, 건캐논 아쿠아로 출격했던 비앙카 칼라일 소위는 위기를 맞게 된다. 한편, ‘리유즈 P 디바이스’ 개발자인 칼라 교수에 대한 애정으로 대릴은 지온 잔당군에 남아 디바이스 탈환 소대에 들어가게 되는데…