닌자대전도 과거의 일이 되어, 나뭇잎마을도 평화를 누리고 있는 시대. 7대 호카게의 아들, 보루토는, 너무나 위대한 아버지의 영향인지 따분한 일상을 보내고 있었다. 새로운 재앙의 그림자에도 눈치채지 못한채…신세대의 전설이 지금 개막!