그림리퍼(장화(葬花) 소녀). 그것은 수수께끼 생명체 레기온으로부터 세계를 지키는 최종 병기. 인류가 레기온에 대패한 시대, 사람들은 크리설리스라 불리는 돔 안에서 그림리퍼들의 보호를 받으며 살고 있었다. 도쿄 크리설리스에 사는 고등학생 쿠즈미는 사고 난 차량을 구조하는 와중에 돔에 침입한 레기온의 습격을 받는다. 그를 구한 것은 그림리퍼대의 리더인 아이리스였다. 쿠즈미의 정의감을 인정한 아이리스는 그에게 레기온 토벌에 협력하길 요청. 쿠즈미는 당혹스러워하면서도 소꿉친구 소녀 하루노를 지키기 위해 싸움에 몸을 던진다. 그 앞에서 기다리고 있는 것이 가혹한 운명인 것도 모른 채―. 아름다운 최종 병기들과 함께 세계의 진실에 맞서 싸우는 다크 액션 개화!