『능가사자기』는 초기 선종 사자(스승과 제자)의 어록과 전기 및 그 계승관계를 명시한 채으로 1세기 전 돈황에서 새로 발견되어 초기선종사의 실상을 밝혀주는 중요한 자료이다. 초기 선종이 주로 『능가경』의 심요를 선지로 하여 심인상전한 종이었기에 그 선사들을 능가사라 칭하고 그 선법을 능가선, 그리고 그 종을 능가종이라 칭하는데, 『능가사자기』는 선종이 본래 『능가경』의 심요心要를 바탕으로 수선하는 '능가종'이었다는 사실을 가장 극명하게 입증해주는 자료라는 점에서 매우 중요하다.