카즈야는 인류의 적인 '이차원체 노바'와 싸우기 위해 제네틱스에 편입하고,
그곳에서 죽은 누나오 닮은 소녀 사테라이자와 만나게 된다. 수많은 싸움을 이겨내고 점차 가까워지는 두 사람, 노바와의 전투가 격화되는 중,
인류는 인공적으로 판도라를 창조해내려는 'E 판도라' 계획을 발동한다.
하지만 무리한 실험 끝에 E 판도라들은 반란을 일츠키고, 이들을 이끄는 아밀리아를 사테라이자 일행이 비호하는데…!
이때, 그녀들의 앞을 막아서는 자는 바로 웨스트 제네틱스의 괴물, 시폰 페어차일드였다!!