2039년, 화성 탐사팀은 외계문명의 유적을 발견하지만, 갑자기 날아든 생명체 타르시안의 손에 의해 전멸하고 만다. 그 사건 이후 지구 문명은 유정에서 발견된 테크놀로지로 비약적으로 발달. 타르시안의 추적, 조사를 목적으로 국가연합 우주군이 조직된다.

중학생인 노보루와 미카코는 같은 동아리에서 활동하는 사이좋은 반 친구였지만, 3학년 여름 미카코가 국가연합군 선발 멤버로 발탁되면서 헤어지게 된다. 휴대전화 메시지로 연락을 이어가는 두 사람이지만, 우주선이 멀어질수록 그 시간차는 점점 벌어지기만 하는데... 애니메이션에서는 풀어낼 수 없었던 타르시안 침공의 수수께끼가 밝혀진다.