시티 코베가 소멸된 지 석 달. 북미의 시티 매사추세츠를 통치하는 연구기관·『위저드 브레인 팩토리』에 소속된 마법사 디는 파괴를 일삼는 「빛술사」를 쫓다가 만난 세라라는 소녀에게 끌린다. 세라의 어머니 마리아가 자신이 쫓는 빛술사인 것을 모른 채.
한편, 한때 최강이라 불린 「검은 옷의 기사」 쿠로사와 유이치는 한 통의 편지를 받고 시티 매사추세츠를 방문하게 되는데….
극도로 발달한 과학― 마법을 사용하는 마법사들이 멸망을 향해 가라앉는 디스토피아 세계를 배경으로 펼치는 치열한 격전, 제3탄!!