무관심한 아버지와 아이를 원하지 않았던 어머니 사이에서 태어난 영국인 소녀 메리 레녹스. 외롭게 자라던 메리는 하루 아침에 콜레라로 부모를 잃고 영국 요크셔 미셀스웨이트 저택의 외삼촌에게 보내진다. 사랑했던 아내를 잃고, 아들은 병약하며 본인은 등이 굽는 장애를 가진 메리의 외삼촌은 침울한 삶을 살아가고 있다. 하지만 메리는 하녀 마사의 도움으로 새로운 저택에서 적응해 간다. 새로운 친구들을 사귀고 비밀의 화원을 남몰래 가꾸면서 성격과 몸이 건강해져간다.

제목이 주는 것처럼 강렬하고도 신비로운 느낌과 더불어 서정적인 아름다움까지도 느낄 수 있는 작품이다. 황량하고 적막한 황무지 속의 저택을 배경으로 비밀에 싸인 정원히 자연 그대로의 아름다움을 되찾아가는 모습이 대비된다. 어른들의 무관심과 이기심으로 상처받은 아이들이 자연 속에서 아픔을 치유하고 오히려 어른들까지도 치유한다는 내용에서 감동이 느껴지는 명작이다.