200년 후의 세계에서 남몰래 포션을 만들기 시작한 연금술사 소녀 마리엘라. 마리엘라와 함께 살며, 서서히 본래의 자신을 되찾아가는 노예 청년 지크문트. 「미궁 도시」 사람들과의 만남을 통해 느긋하고도 평화로운 생활을 쌓아가는 두 사람. ――그러나 그 뒤편에서 마을에 조금씩, 확실한 변화가 찾아오고 있음을 알 수는 없었다.

미궁 공략을 위해 진군하는 「미궁 토벌군」을 덮친 비극.
사라진 연금술의 존재를 눈치채기 시작한 「흑철 수송대」 멤버들.
정체불명의 A랭크 모험가 「뇌제 엘시」의 등장.
――그리고 200년의 시간에 감춰진 연금술사의 비밀이란?!