여자 친구 모리 란의 아버지 모리 코고로의 탐정 사무소에 얹혀 살면서 수수께끼 조직의 행방을 추적하는 코난. 주변의 시선을 피하기 위해 초등학교를 다니며, 수멍서 맹탐정 모리 코고로를 돕는 작은 명탐정 코난의 추리가 시작된다!